C'est le 1er juin 1902 que les Sœurs de St-Paul de Chartres ont ouvert à Porrentruy une école " de tenue de ménage", sous le nom de "Ecole ménagère St-Paul", à la demande du Préfet Daucourt.

1946 : à cette époque, l'enseignement ménager  n'était pas encore obligatoire en Suisse. Il n'existait que peu de possibilités de formation pour les jeunes filles. C'est pour parer à cette carence que l'Ecole St-Paul a été fondée.

Petit à petit, l'enseignement général a pris sa place dans le programme, et l'école n'a plus été spécifiquement ménagère, même si le cours ménager a gardé toute son importance pendant de longues années.
 
Vers 1920, l'école St-Paul a  commencé à accueillir des élèves suisses alémaniques pour un cours de langue française et l'école ménagère.

En 1949,  le directeur de l'Instruction publique du Canton de Berne donne à la Directrice de l'école l'autorisation de créer une classe de 9e année primaire. Dès 1984, quelques élèves de 8e année sont venues s'ajouter aux effectifs.   Jusqu'à la réforme des structures scolaires dès 1992, de nombreuses adolescentes du Jura sont venues suivre leur 9e à St-Paul. En 1996, dans le cadre de la réforme scolaire, l'école St-Paul a offert la possibilité aux élèves de suivre le cycle secondaire complet dans son établissement, de la 7e à la 10e année.

En 2010, l'Ecole St-Paul se distingue par deux points: son programme pédagogique novateur et son engagement à le rendre accessible à toutes les familles, toutes couches sociales confondues.  Une spécificité de l'Ecole St-Paul est également de proposer à des élèves suisse-allemandes de suivre une 9ème ou une 10ème année scolaire dans le Jura.  La plupart des cours leurs sont dispensés en allemand.   Un accent est toutefois mis sur l'apprentissage du français.

Depuis quelques années, nous proposons également l'expérience de l'immersion à certaines élèves suisse-allemandes ayant déjà un bon niveau de français.

L'école est fermée temporairement

En juin 2018, alors que le pape François célébrait une messe à Genève, la Congrégation des Sœurs de Saint-Paul de Chartres annonçait la fermeture temporaire de son école à l’été 2019. Les bâtiments de St-Paul vont conserver leur vocation éducative: en effet, dès le mois d'août 2019, les locaux seront occupés par l’Unité d’accueil pour écoliers (UAPE) de Porrentruy et ce, durant deux ans. C'est en substance ce que révèle le communiqué publié - le 1er juillet 2019 - par la Communauté des Sœurs de Saint-Paul de Chartres en Suisse.