Le Conseil Pastoral du Jura pastoral (CPaJ) veille à «étudier l’activité pastorale, à l’évaluer et à proposer des conclusions pratiques». Dans l’esprit des Orientations pastorales «Une Eglise rayonnante de l’Evangile», le CPaJ est appelé à mener des réflexions en phase avec la vie de l’Eglise du Jura pastoral et les besoins actuels des femmes et des hommes de ce temps.

Le CPaJ est composé de personnes bénévoles désignées par les Unités pastorales et par les Missions linguistiques. Six membres sont appelés par le vicaire épiscopal, dont deux agents pastoraux représentant les Services et Unités pastorales, ainsi qu'une représentante des communautés religieuses.

Le CPaJ tient en principe trois séances plénières par année pastorale.