La commune ecclésiastique de Courtedoux fait partie de l'Espace pastoral Ajoie - Clos du Doubs.

L'église Saint-Martin de Courtedoux existe depuis 1389. Elle a été reconstruite en 1835. Cette église contient une chaire remarquable du 18ème siècle (?) avec des panneaux polychromes intéressants. Les vitraux, signés, sont de Louis Koch, maître verrier à Beauvais (Oise) et ont été réalisés par les ateliers Chanterel Frères (Paris) en 1906.

L'église de Courtedoux est dédiée à Saint Martin, fêté le 11 Novembre.